Для деплоя приложений на nodejs есть пара инструментов, таких как shipit и flightplan. Оба они не так хороши, как capistrano для ruby или deployer для php, но если для деплоя хочется выбирать ту же экосистему, что и для разработки, то выбирать особо не приходится.
Если сравнивать shipit и flightplan, то можно сказать, что первый - более модульный, имеет некоторые плагины, а также поддерживает функцию "rolling releases", второй же - более простой и понятный.
На сервере, да и локально, я использую nvm для переключения между версиями nodejs и здесь я столкнулся с проблемой.